Diplomatosi a pieni voti all’Istituto superiore di studi musicali G. Puccini di Gallarate sotto la guida di M. Valentini, ha seguito i suoi studi presso il Conservatorio della Svizzera italiana (Master of arts in Performance) con F. Renggli, presso l’Accademia nazionale di Santa Cecilia con A. Oliva e presso l’accademia “Dentro il suono” con G. Pretto. Ha inoltre proseguito il perfezionamento con docenti di fama internazionale quali A. Manco, S. Careddu, P. Taballione e E.Beynon.
Nel 2012, vince l’audizione come primo flauto (con borsa di studio) presso l’Orchestra Giovanile italiana e, nel 2014, vince l’audizione come primo flauto presso l’Orchestra dell’Accademia del Teatro alla Scala di Milano, ruolo ricoperto stabilmente fino al 2016. Inoltre, è stato finalista, nel febbraio 2016, per il posto di accademista presso l’Orchestra del Royal Concertgebouw di Amsterdam.
Ha lavorato come Primo flauto con alcuni degli enti lirico sinfonici più importanti in Italia: Teatro alla Scala di Milano, Filarmonica del Teatro alla Scala di Milano, Teatro Regio di Torino, Teatro la Fenice di Venezia, Teatro del Maggio musicale fiorentino di Firenze, Orchestra A. Toscanini di Parma. Ha suonato sotto la direzione di alcuni dei più importanti direttori del panorama internazionale: R. Muti, B. Haitink, D. Harding, F. Luisi, G. Noseda, E. Casado, M. Mariotti, A. Fish, C. P. Flor, S. Kochanowsky, K. Ono, O. Dantone, A. Lonquich, P. Rophè e molti altri.
Nel febbraio 2017, vince il concorso come Principal Flute presso la Norrlands Symphony Orchestra presso Ümea, Svezia, con la quale ha lavorato e collaborato durante la stagione 2018/2019. In seguito, nel maggio 2017, vince il concorso per Primo Flauto presso l’Orchestra Sinfonica di Milano, ruolo ricoperto stabilmente a partire dal febbraio 2018 e con la quale ha suonato più volte in qualità di solista.
Nel 2025 ha ricevuto il Diploma “Ad honorem” dall’Accademia internazionale di Imola, a riconoscimento della carriera professionale svolta.
Nicolò Manachino è certificato da Giampaolo Pretto per l’insegnamento del metodo Dentro il Suono dal 2019.